رسول جعفریان در سال 1357ش و در آستانه پیروزی انقلاب، برای ادامه تحصیلات حوزوی، راهی شهر مقدس قم شد. نخست به مدرسه خان رفت و سپس در مدرسه رسالت، به ادامه تحصیل پرداخت. وی در قم از درس اساتیدی چون آیات: جوادی آملی، مصباح یزدی، ممدوحی، منتظری، گرامی، سیّد مهدی روحانی، سیّد محسن خرازی و نیز علّامه جعفر مرتضی جبل عاملی بهره برد. در سال 1359ش در دوره آموزشی مؤسسه در راه حق شرکت کرد و با بازگشایی دانشگاه ها، در سال 1361ش به تدریس معارف اسلامی و تاریخ اسلام در دانشگاه های اصفهان و تهران مشغول شد که تا سال 1373ش ادامه داشت.

اولین اثر جعفریان در سال 1364ش با عنوان «پیش درآمدی بر شناخت تاریخ اسلام» منتشر شد. دومین اثر کتاب «اکذوبه تحریف القرآن بین الشیعه و السنه» بود. از آن پس تاکنون بیشتر نوشته های وی چهار حوزه تاریخ اسلام، تاریخ شیعه، تاریخ صفوی و تاریخ معاصر است. شماری از کارها تألیف، برخی تصحیح و اندکی هم ترجمه است. وی در سال 1374ش کتابخانه تخصصی اسلام و ایران را در قم تأسیس کرد که تاکنون فعال است. در سال 1379ش عضو هیئت علمی پژوهشگاه حوزه و دانشگاه شد و در سال 1385ش به دانشکده ادبیات دانشگاه تهران، گروه تاریخ منتقل گردید. وی از سال 1387ش ریاست کتابخانه مجلس شورای اسلامی را بر عهده دارد.

به کوشش های پی گیر خود در زمینه تألیف، تصحیح، ترجمه و نیز تحقیق در تاریخ اسلام، ایران و تشیع همچنان ادامه می دهد.

برخی از آثار وی عبارت است از:

1. «تاریخ سیاسی اسلام» دو مجلد2. «تاریخ تشیع در ایران»3. «مقالات تاریخی» هجده مجلد4. «سیاست و فرهنگ روزگار صفوی» دو مجلد5. «جریان ها و سازمان های مذهبی سیاسی ایران 1320-1357»6. «آثار اسلامی مکه و مدینه»7. «تاریخ ایران اسلامی» چهار مجلد8. «تأملی در نهضت عاشورا»9. «حیات فکری