جمال الدّین و آقا رضی الدّین، از این مخدّره متولّد شده اند.]

آقا حسین مانند فرزندش آقا جمال بذله گو و حاضرجواب بوده و لطیفه های زیادی از او نقل می کنند.

او سرانجام در غرّه رجب المرجّب سال 1098ه.ق وفات یافته و بنا به وصیت خودش در مزار بابا رکن الدّین (تخت فولاد) مدفون شده و به دستور شاه سلیمان صفوی بقعه ای عالی بر سر مزار او بنا شد. پس از وفات او تا امروز دهها تن از علماء و فضلاء در داخل بقعه و خارج از آن مدفون شدند و لذا به بقعه آقا حسین خوانساری، «قبّهالعلماء» گفته می شد.

شعرا و گویندگان در رثای او مرثیه ها گفته و ماده تاریخ وفات او را به نظم کشیده اند. از جمله:

[مسیحا کاشانی این عبارت را ماده تاریخ او یافته است:

«دفن العلم کالهدی فی التّراب»]

و شخص دیگری گفته:

قال رضوان له: «ادخل جنّتی»

و به فارسی نیز گفته اند:

از آسمان یکی به درون سر نمود و گفت:

«امروز هم ملایکه گفتند یاحسین»

سنگ قبر آقا حسین خوانساری از جنس یشم گرانبها بوده که در فتنه افاغنه شکسته شده و معدوم شد و چند سال بعد سنگ از دو قطعه مرمر بر روی قبر او و فرزندش آقا جمال نصب شد.

هنگامی که برای دفن شیخ اسداللَّه فهامی در بین دو قبر آقا حسین و آقا جمال قبر حفر می کرده اند جسد مبارک آقا حسین آشکار شد و آن را صحیح و سالم یافتند.

این کتب و رساله ها از تألیفات اوست:

1. ترجمه «صحیفه سجادیه» 2. حاشیه بر «الهیات