سَمُوّ مقام زهد و عبادت، همه معاصرین بر وی غبطه می آوردند و در ادبیات و فقه اللّغه و علم رجال و درایه نیز کم نظیر بود»[1] و «از هر علم کتابی در حفظ داشت. مانند «الفیه» در نحو، «زبده» در اصول و «قانونچه» در طب و «مختصر تلخیص» در فصاحت و «تهذیب» در منطق و «تجرید» در کلام و «مختصر نافع» در فقه «او بسیار زیرک و دانا و با تدبیر به خصوص در مرافعات و تمام کردن آنها بود. رساله عملیه نوشته و مقلدینی هم داشت و معروف است که قرار او ثبت اموراتیکه در نزد او می شده بوده که من بعد اشتباه کاری نشود و مزاح های شیرین و شوخی ها و خوش صحبتی های بسیار نظیر آقا جمال خوانساری داشت.»[2]

برای او در محلّه جماله اصفهان مسجدی ساخته شد که به نام «مسجد حاج محمّد جعفر» معروف است و مقابل بازار بزرگ اصفهان واقع شده است. حاجی آباده ای در آن اقامه نماز می فرمود. شرح معماری و تزئینات مسجد در کتاب گنجینه آثار تاریخی اصفهان آمده است.[3]

او سرانجام در شب شنبه 19 رمضان المبارک سال 1280ق در اصفهان وفات یافته و در تخت فولاد مدفون گردید. سپس میرزا سلیمان خان رکن الملک شیرازی نایب الحکومه اصفهان جهت او تکیه ای بنا نمود که به نام او مشهور است.[4]

ماده تاریخ فوتش را میرزا علیرضا لنجانی معروف به «آقاجان پرتو» در آخر مرثیه ای چنین گفته است.

سال تاریخش ز پرتو شد سؤال

گفت «اللهم نَوِّر مضجعه»[5]

کتب زیر از تألیفات ایشان است:

[1] چهل سال تاریخ ایران یا المآثر و الآثار، ج1، ص197.

[2] رجال اصفهان یا تذکره القبور، صص 31 و 32.

[3] گنجینه آثار تاریخی اصفهان، صص 792-789.

[4] سیری در تاریخ تخت فولاد، ص48.

[5] مکارم الآثار، ج7، ص2319.