خودخواه اصفهان نتواند به منویّات خود دست یابد. برخی از نویسندگان داخلی به پیروی از مستشرقین و نویسندگان خارجی او را به خاطر ثروت و اجرای حدود و دخالت در سیاست مورد سرزنش قرار داده و از او انتقاد کرده اند، امّا او از ثروت و نفوذ و قدرت خود برای ترویج دین و رفع ظلم و اعانت به مظلومان استفاده می کرد، نه برای هوا و هوس های شخصی.

این فقیه و مجتهد عالیقدر از اواخر سال 1330ق به بیماری استسقاء مبتلا گردید و سرانجام پس از دو سال بیماری در عصر یکشنبه 11 شعبان المعظم 1332ق در منزل مسکونی خود در محلّه پشت مسجد شاه وفات یافته و در جوار امامزاده احمد اصفهان مدفون شد و بر سر مزار او بقعه ای بنا کردند و طی سالهای بعد تعدادی از بستگان و نوادگان او در آنجا مدفون شدند.

ملّا عبدالجواد خطیب، برای مادّه تاریخ وفات او ضمن مرثیه ای چنین سروده است:

شد سؤال از خطیب تاریخش

جا چو آن گنج در تراب گرفت

«یا» برای ندا برون شد و گفت

«ایها النّاس آفتاب گرفت»

1342-10=1332

او متجاوز از صد جلد کتاب تألیف نموده که از آن جمله است:

1. «جامع الأسرار» 2. «عنایات الرضویّه» 3. «دلائل الأحکام» 4. اشارات ایمانیه 5. ترجمه برخی از مجلدات بحار و کتب احادیث.

او اگر چه شاعر حرفه ای نبود اما گاهی اشعاری را می سرود.

این بیت از سروده های آقانجفی است:

طالب هستی جاوید، ز جان می گذرد

پس در افلاک چو عیسی ز جهان می گذرد[1]

[1] تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان، ج1، صص 509-343؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، صص 175-173؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج1، صص 56-53؛ مزارات اصفهان، ص55؛ رجال اصفهان (دکتر کتابی)، ج1، صص 179-171؛ الاصفهان: رجال و مشاهیر، صص 673-667؛ تاریخ اصفهان (جابری)، صص 323-319 و 395؛ ریحانه الادب، ج1، ص 57؛ مکارم الآثار، ج5، ص1662؛ مؤلفین کتب چاپی، ج2، صص 198 و 203؛ الذریعه: مجلدات مختلف؛ مقتبس الاثر، ج2، ص222؛ تکمله نجوم السماء، ج2، ص278؛ دائره المعارف فارسی مصاحب، ج1، ص182؛ شمس التواریخ، صص 97 و 98؛ نقباء البشر، ج1، صص 247 و 248؛ شرح حال رجال ایران، ج3، صص 326 و 327؛ الاعلام، ج6، ص63؛ فوائد الرضویّه، ص438؛ علمای معاصر، صص 175 و 176؛ فرهنگ معین، ج6، ص2109؛ المآثر و الآثار یا چهل سال تاریخ ایران، ج1، ص218؛ حکم نافذ آقانجفی؛ در حریم وصال.