سال 830ق پس از آن که احمد لر که از پیروان فضل اللّه استرآبادی پیشوای حروفیّه بود، در مسجد هرات، شاهرخ را کارد زد، صائن الدّین نیز به همکاری با توطئه گران متّهم، و مدّتی محبوس، و اموالش مصادره شد. عاقبت با خانواده اش آواره شهرها گردید. پس از مدّت ها دربه دری به بایسنغر فرزند شاهرخ توسّل جست، و از او امان یافت، و مدّتی به قضاوت نیشابور مشغول شد].

وی در 14 ذی حجّه 835ق در هرات وفات یافت. شیخ آقابزرگ او را از اعلام شیعه شمرده است.

وی تألیفات فراوانی دارد که برخی از آن ها به طبع رسیده است، این آثار عبارت اند از:

1. اسرارالصّلاه 2. التّمهید فی شرح قواعد التّوحید، مطبوع 3. شرح فصوص الحکم 4. شرح قصیده برده به فارسی که به مغیث الدّین ابوالفتح سلطان ابراهیم تقدیم شده (نسخه شماره 3464 کتابخانه آیت اللّه مرعشی در قم) 5. شرح گلشن راز 6. شرح قصیده تاییه ابن فارض 7. شرح نهج البلاغه 8. شقّ القمر در عرفان، به فارسی 9. رساله بائیّه در علم اعداد و حروف 10. رساله المحمدیّه 11. مبدأ و معاد 12. مخزن الغرائب 13. مدارج الافهام الافواج 14. المعتقده 15. المفاحص در علم عدد 16. مناظرات خمس یا عقل و عشق 17. رساله در تحقیق أَنَا نُقْطَه الَّتی تَحْت الْباء 18. ضوء اللّمعات 19. رساله در معنی قابلیّت و تصوّر و تحقیق آن 20. تجلّی ذاتی، ترجمه رساله ابن هود مغربی 21. مناهج 22. نفثه المصدور 23. سلم دارالسّلام، در بیان حکم ارکان الاسلام در عرفان به فارسی 24. اطوار الصّوفیه یا اطوار ثلاثه 25. منظومات صائنیّه 26. جواب مکتوب امیررضا 27. شرح حدیث عما 28. اعتقادیّه 29. شرح ابیاتی از ابن عربی 30. مقبول الملوک یا خواصّ الحروف 31. نفثه المصدور ثانی 32. مناظره بزم و رزم و غیره.[1]

[1] دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج1، ص59؛ تاریخ نظم و نثر، صص274 275؛ ریحانه الادب، ج3، ص343؛ الذّریعه، ج11، صص136 و 68؛ تاریخ تشیّع اصفهان، صص332 و 335؛ رجال حبیب السّیر، ص123؛ تمهید القواعد، مقدّمه؛ عقل و عشق یا مناظرات خمس، مقدّمه؛ ریاض العلماء، ج4، ص240؛ طرائق الحقایق، ج3، صص68 69؛ حروفیّه در تاریخ، صص 80 81.