او در انواع علوم زمان خود ماهر بوده، و خصوصاً در تدریس شفا مهارتی بسزا داشته است. از حافظه ای قوی برخوردار بوده، و خطّ نستعلیق را خوش می نوشته است. این عالم عالی قدر، در دنیا به قلیلی از خوراک و پوشاک اکتفا کرده، و نظر خود را از ماسوی اللّه قطع نموده بود؛ لاجرم، مستجاب الدّعوه بود، و کراماتی از ایشان به ظهور رسید. در مقابل سخن حق، تسلیم و صاحب هیبتی عظیم بود. بزرگ و کوچک و شاه و گدا او را احترام می کردند و صاحبان جلالت و سلطنت، در تفخیم او دقیقه ای فروگذار نمی کردند. تا جایی که نادرشاه افشار با آن همه سطوت و صولتی که داشت، و به فضلاء و اعاظم علمای عصر خود اعتنایی نمی کرد، وی را مورد عنایت خاصّه قرار داده بود، و فرمان او را امتثال می کرد، در حالی که آن بزرگمرد، به مقام و عظمت نادر، بی اعتنا بود].

بسیاری از علماء و فضلاء، از محضر درس او مستفیض شده اند که از آن جمله اند: آقامحمّد بیدآبادی، میرزا ابوالقاسم مدرّس، ملاّمهدی نراقی و ملاّمحراب گیلانی.

صاحب عنوان در 11 شعبان 1173ق در اصفهان وفات یافت، و در تخت فولاد، نزدیک مزار فاضل هندی مدفون گردید. [میرزا عبدالنّبی قزوینی در تتمیم امل الآمل سال وفات او را 1177ق ذکر نموده است، و احتمال این که اشتباه، از کاتب نسخه باشد زیاد است. شیخ عبّاس قمی در فوائد الرّضویه و جمعی پنداشته اند که ما دو نفر ملاّاسماعیل خواجویی در یک زمان داشته ایم، یک نفر فقیه، متوفّی به سال 1173، و یک نفر حکیم و فیلسوف، متوفّی به سال 1177 که این ادّعا ناشی از اشتباه راه یافته به کتاب تتمیم امل الآمل، و به کلّی مردود است]. در تاریخ وفات او [به حساب ابجد] گفته اند:

«نورّ اللّه الجلیل مقبرته» «رفع اللّه فی الجنان منزلته»

دبیر، شاعر اصفهانی در مرثیّه ای [که در حاشیه سنگ لوح مزار خواجویی نقر گردیده]، مادّه تاریخ وفات ایشان را چنین می گوید:

بهر تاریخ او دبیر نوشت: «خانه علم منهدم گردید»

[تا این اواخر، قبر او به صورت سکویی در وسط قبرستان باقی بود، تا این که شهرداری اصفهان، بقعه ای بر سر قبر او احداث کرد].

تألیفات ایشان را اعمّ از کتاب و رساله، بیش از یک صد و پنجاه کتاب نوشته اند که اغلب به