محمّد گیلانی، و دو شرح اوّل به طبع رسیده است. هم چنین این قصیده را امیرمحمّدعلی هندی تخمیس نموده که ابتدای آن این است:

ای که ذاتت در دو گیتی مظهر اسماستی جوهری دهر را چون لؤلو لالاستی

بشنو از انجام خود حرفی که از مبداستی چرخ با این اختران نغز و خوش زیباستی

صورتی در زیر دارد آن چه در بالاستی

کتب زیر از تألیفات ایشان است: 1. اجازه به ملاّحسنعلی تستری، مطبوع ضمن اجازات بحارالانوار 2. برهان الابصار 3. تاریخ الصّفویه 4. تحقیق المزلّه 5. تخمیریّه 6. ترجمه شذور الذّهب 7. تفسیر قرآن 8. جواب سؤالات ملاّمظفّر حسین کاشانی، مطبوع در کتاب منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران 9. حاشیه جوک باشست 10. رساله حرکت، مطبوع در کتاب منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران 13. رساله صناعیّه، مطبوع 14. رسالهٌ فی ارتباط الحادث بالقدیم 15. رسالهٌ فی حقیقه الوجود 16. رسالهٌ فی معقولات العشر 17. زیبق، مطبوع در کتاب مجموعه رسائل خطّی فارسی 18. قصیده یائیّه، مطبوع 19. کشف اللّغات «جوک باشست» 20. منتخب «جوک باشست» 21. منظومه فی الکیمیا. میرفندرسکی کتابخانه ای ارزشمند با کتاب های نفیس داشته که پس از وفات، کتاب های آن را به کتابخانه شاه صفی انتقال داده اند. این شعر از او است:

شرب مدام شد چو میسّر مدام به چون می حرام گشت، به ماه حرام به

یک بوسه از رُخت ده و یک بوسه از لبت تا هر دو را چشیده بگویم کدام به[1]

[1] تذکره نصرآبادی، ج1، صص221 223؛ وقایع السّنین و الاعوام، صص514 515؛ طرائق الحقایق، ج3، صص158 159؛ ریاض العلماء، ج5، صص499 502؛ ریحانه الادب، ج3، ص418 و ج4، صص357 360، شرح حال میرداماد و میرفندرسکی، دائره المعارف بزرگ اسلامی، ج6، صص169 173؛ الرّوضه النّضره، صص450 451؛ منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران، ج1، صص85 88؛ رجال اصفهان، دکتر کتابی، ج1، صص289 292؛ تاریخ فلسفه در اسلام، صص447 460؛ روضات الجنّات، ج1، صص242 246 و ج5، ص380؛ الکنی و الالقاب، ج3، ص35؛ الذّریعه، ج3، ص485 و ج6، ص395 و ج18، صص57 و 489؛ قصص العلماء، صص236 237؛ تذکره روز روشن، صص25 26؛ مجمع الفصحاء، ج4، صص9 10؛ فرهنگ معین، ج6، صص1379 1380؛ از آستارا تا استرآباد، ج5، صص338 340؛ گنجینه آثار تاریخی اصفهان، صص543 546؛ رجال اصفهان یا تذکره القبور، ص112 و 108؛ زندگی نامه علاّمه مجلسی، ج2، صص378 379؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان، ج1، ص197 200؛ اعیان الشّیعه، ج7، ص68؛ راهنمای پژوهش درباره میرفندرسکی؛ خاندان شیخ الاسلام اصفهان، صص64 65؛ سیری در تاریخ تخت فولاد، صص208 210؛ اصفهان (کتاب جوانان)، صص217 218.