بعد از رواج يافتن مسيحيت در اروپا و توأم شدن قدرت کليسا با قدرت امپراطوري روم، مراکز علمي زير نفوذ دستگاه حاکمه قرار گرفت تا آنجا که در قرن شش ميلادي ـ چنان‌که قبلاً اشاره شد‌ـ دانشگاه‌ها و مدارس آتن و اسکندريه تعطيل گرديد. اين دوران که حدود هزار سال ادامه يافت، به «قرون وسطا» موسوم شده و ويژگي کلي آن، تسلط کليسا بر مراکز علمي و برنامه مدارس و دانشگاه‌هاست.

از شخصيت‌هاي برجستهٔ اين عصر، سن‌اگوستين است که کوشيد تا معتقدات مسيحيت را با مباني فلسفي، به‌خصوص آراي افلاطون و نوافلاطونيان، تبيين کند. بعد از وي، بخشي از مباحث فلسفي در برنامه مدارس گنجانيده شد، ولي نسبت به افکار ارسطو بي‌مهري مي‌شد و مخالف عقايد مذهبي تلقي مي‌گرديد و اجازهٔ تدريس آنها داده نمي‌شد. تا اينکه با تسلط مسلمانان بر اندلس و نفوذ فرهنگ اسلامي در اروپاي غربي، افکار فلسفه اسلامي مانند ابن‌سينا و ابن‌رشد کمابيش مورد بحث قرار گرفت و دانشمندان مسيحي از راه کتاب‌هاي اين فيلسوفان با آراي ارسطو نيز آشنا شدند.

رفته‌رفته کليساييان در برابر اين موج فلسفي، تاب مقاومت نياوردند و سرانجام سن‌توماس‌ آکويني بسياري از آراي فلسفي ارسطو را پذيرفت و آنها را در کتاب‌هاي خودش منعکس ساخت و کم‌کم مخالفت با فلسفه ارسطو کاهش يافت بلکه در بعضي از مراکز علمي به‌صورت گرايش غالب درآمد.

به ‌هر حال، در قرون وسطا نه‌تنها فلسفه در مغرب‌زمين پيشرفتي نداشت، بلکه سير